Если интересно, можешь почитать оценку хода процесса, данную 35 московскими адвокатами: http://www.novayagazeta.ru/news/58750.html. Они усматривают в процессе нарушение 14 статьи Конституции и поясняют, почему содеянное, по их мнению, подпадает под КоАП, а не УК.
Наблюдая за процессом, я (не будучи, впрочем, профессионалом и не имея к "официальной системе правосудия" никакого отношения) обратил внимание на возможные нарушения УПК, связанные с ознакомлением обвиняемых с материалами дела (ст. 217), заявлением ходатайств (ст. 120), обязанностями секретаря (ст. 245). Ну и до кучи еще эфемерные принципы состязательности сторон и непредвзятости правосудия.
Если же тебя интересуют "официальные" комментарии, то их предсказать очень легко: пока вина судьи не доказана, она невиновна. Значит, нет оснований ей не доверять. Значит, все в порядке.

Касательно тяжести наказания. Человек, который взрывает самолеты и убивает других людей -- преступник, соответствующие статьи есть в законодательстве как в США, так и у нас. Человек, который нарушает внутренние правила распорядка храма -- (в соответствующих системах ценностей) моральный урод, негодяй, хулиган, но это не повод ставить его на одну доску с убийцами. В том числе для фильтрации такого рода домыслов и нужны законы. Есть очень много способов сделать так, чтобы их примеру не последовали другие -- принять закон о пятимилионном штрафе, например. Ну или признать уже неразрывную связь государства и религии, отменить 14 статью и сажать всех, кто опасен с точки зрения церкви.